Marco Magalhães studeerde aan het Conservatório de Música do Porto, de Escola Superior de Música de Lisboa en aan het Conservatorium van Amsterdam. Aan deze instituten kreeg hij les van blokfluitisten als Pedro Sousa Silva, Pedro Couto Soares, Paul Leenhouts, Walter van Hauwe en Jorge Isaac.
In het verleden musiceerde Marco in ensembles en orkesten zoals Capela Real de Lisboa, A Imagem de Melancolia, Il Dolcimelo, Concertus Antiquus, Sete Lágrimas, The Royal Wind Music, Orquestra Sinfónica Portuguesa, Luthers Bach Ensemble en Prime Ensemble. Hij trad op in Portugal, Spanje, Frankrijk, Nederland, Duitsland, België, Oostenrijk, Zwitserland, Lichtenstein, Italië, Groot-Brittannië en de Verenigde Staten.
Marco nam vele cd’s op. In 2007 was dat de cd Lachrimæ #1 met het ensemble Sete Lágrimas voor het label Murecords. Met blokfluit consort A Imagem da Melancolia maakte hij twee opnamen, A Arte da Usurpação, in 2005 voor Phonedition en The Bad Tempered Consort, in 2008 voor Challenge Classics.
Met het ensemble The Royal Wind Music is hij te horen op vijf cd’s: The Flute Heaven of the Gods (2008), Del Canto Figurado (2009), En Er Mundo (2013), Angeli, Zingare e Pastori (2013) en Sweete Musicke of Sundrie Kindes (2015), allen voor het label Lindoro. Tenslotte nam hij de cd ‘ Spray’ op met het Prime Ensembe van Antonio Politano, een blokfluitensemble voor hedendaagse muziek